规模大，条件差，应用型人才培养目标大打折扣
教育部在批复部分省级人民政府关于“专升本”的函件中要求，加大对新建本科高校资金投入力度，重点培养服务区域经济社会发展所需要的应用型、技术技能型人才。然而，据知情者透露：“这条讲起来容易，落实起来很难。”
湖南农业大学东方科技学院院长邹冬生接受中国青年报记者采访时认为，“一些地方新建本科高校往往以赚钱为目的，规模弄得很大，条件很差。”对于这些方面的情况，43所新建本科高校评估报告给出了具体的量化指标：38.8%的教学经费投入不合格，30.2%的专业建设不合格，42.2%的师资数量与结构不合格。
据这份评估报告分析，地方新建本科高校在以下方面存在突出问题。首先是盲目追求高层次发展，办学定位与经济社会发展需求严重脱节。一些地方“专升本”高校不顾自身基础与实力，一味追求传统老牌大学的办学定位，向教学研究型或研究型大学目标靠拢培养学术型人才，导致发展困难重重，前景不明。
其次是学科专业结构不合理，导致大量毕业生就业困难。“专升本”以后，一些地方新建本科高校注重高等教育系统内部的指标排名与攀比，不顾所在区域经济社会发展对人才的需求，开设一些高水平、高规格、与地方产业结构匹配度不高的学科专业，造成产销不对路，教育投资严重浪费。
第三是人才培养强调“宽口径，厚基础”，缺乏地方、行业与学校特色。地方新建本科高校纷纷把学术型人才作为培养目标，重学术轻应用、重理论轻技术，过于强调理论体系的系统性和完整性，大多数使用国家统一“规划教材”，致使毕业生从事理论研究功底不深，实际操作动手能力不足。
第四是师资向应用型专业转型周期长、困难大。地方新建本科高校大多数是在专科基础上升格而成的，原有的专业师资与水平不能胜任对应用型人才培养的需要，迫切需要的高技术应用型人才又受制于体制、机制障碍引进不了，将理论转换为技术、把技术变为产品和商品的实践能力差。
第五是基础差、底子薄，办学经费短缺。一大批地方新建本科高校获得中央财政支持少，地方政府财力有限，学校自身吸纳社会资金的能力弱，以致在实训、实验条件方面达不到应用型人才培养要求。
除此之外，就是在现行的高等教育管理体制中，“专升本”的地方新建本科高校不断失去行业背景与特色，再加上学校科研整体实力薄弱，应用性研究力量不强，服务社会效率低下，在校企合作中处于劣势地位。
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